不同有機肥料的養分含量和性質差別很大，在施用時必須注意以下事項。
1.有機肥料除直接還田的作物秸稈外，一般需要經過堆漚處理，使其充分腐熟之后才能施入土壤，特別是餅肥、雞糞等高熱量有機肥尤其要注意這一點，以防燒苗。
2.人糞尿是含氮量較高的速效有機肥，適合作追肥使用。在施用前要經過無害化處理，而且要看作物施用，如在忌氯作物上施用過多，會導致品質下降。長期單一施用人糞尿的土壤必須配施一定量的廄肥、堆肥、漚肥等富含有機質的肥料，以保證土壤養分的平衡供應。
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3.堆肥、漚肥、沼渣肥等含有大量的腐殖質，適合培肥土壤。但因其中還有大量尚未完全腐爛分解的有機物質，所以這些肥料宜作基肥施用，不宜作追肥施用。
4.用秸稈或山草作肥料時，一是要提前施用；二是要切斷施用；三是要配合一定數量的鮮嫩綠肥或腐熟人糞尿施用，以縮小碳氮比和滿足微生物繁殖時的氮素之需，并在早期補充磷肥；四是要同土壤充分混勻并保持充足的水分供應；五是土壤一次翻壓秸稈或山草的數量不能太多，以免在分解時產生過量有機酸對作物根系造成危害；六是不能將病蟲害嚴重或污染嚴重地帶的作物秸稈或山草直接還田（可堆漚發酵后還田），以免造成病蟲蔓延或土壤污染。
5.草木灰含有5%-10%氧化鉀，呈堿性，不能同腐熟的人糞尿、廄肥混合施用或貯藏，以免降低肥效。
6.泥炭又稱草炭或泥煤，富含有機質和腐殖質，但其酸度大，含有較高的活性鐵和活性鋁，分解程度較低，一般不直接作肥料施用，常用作基肥或牲畜的墊圈材料。
7.腐殖酸類有機肥在瘠薄的土壤中，葉菜類，塊根、塊莖類和禾本科作物上施用效果好，而在油菜、棉花和菜豆等作物上施用效果較差。
