暴雨后形成的高溫高濕環境，為各類病蟲害的蔓延提供了有利條件，如落葉病、穿孔病、輪紋病、炭疽病、黑星病、梨木虱、白星金龜、椿象、食心蟲、蝸牛、污垢(煙煤)等病蟲易發生流行，要根據具體情況增噴殺菌劑和殺蟲劑。因此，進行消毒防病滅菌十分重要，被水淹的苗木都要進行一次防病滅菌工作。
消毒的方式很多，抑制細菌霉菌類的藥劑都可以，可在清理苗圃地淤泥雜物的基礎上，對苗圃地全面噴施0.5%至1%的波爾多液進行消毒。為避免危害發生，應以提前預防為主，濃度不要高，5天左右噴一次就可以。
若發現猝倒病，應及時用托布津或多菌靈防治。苗木受浸后易感染炭疽病，柑桔柚類苗木則易感染褐腐疫病，可噴施500倍疫霜靈或500倍氧氯化銅等含銅農藥，在1.3米以下的樹冠內膛和地面噴施即可。
如果發現樹木裂皮，大裂口處理可以采用凈泥或沙土填口，再用塑料包扎。小裂口可用調合漆、封剪油糊口。有發生流膠的苗木，可將膠刮除后涂農抗120、多菌靈和菌毒清等。對黃化樹的處理，可以采取追施多元微肥和硫酸亞鐵；用腐熟人糞尿和0.5％硫酸亞鐵灌根；追施“一施得”磷鉀復合菌劑、夏氏藍得土壤調理劑、硅鈣鎂鉀肥等。
另外，澇害也會引起根部病害。首先要尋找病根，對整條爛根，要從基部鋸除，帶出園外燒毀。其次，用藥劑灌根，采用挖4條放射溝。樹冠達2米的大苗，可灌入20公斤至30公斤50%退菌特可濕性粉劑300倍液和200倍硫酸銅藥液。同時，加強病蟲防治。
