1、直根型
此類型的根深（四年生的牡丹根可入土80厘米以上），但根條稀疏，沒有明顯的主根，僅有幾十條粗細均勻的粗“面條根”，根光滑、皮百，根上極少分生小根，根（加工后稱“丹皮”）產量高，質量好。如“鳳丹”、“趙粉”、“二喬”、“墨魁”等。這類牡丹多為藥用兼觀賞兩用品種。
2、坡根型
此類根條粗細長短不一，分生側根較多，交叉生長，俗稱“雞爪根”，多數入土較淺，斜坡角度大。如“青山貫雪”、“白玉”、“黃花葵”等品種，此類牡丹產丹皮質量、產量低于直根型，不適于藥用栽培。
3、中間型
此類根條稀密適中，無明顯主根，生有多數粗細均稱、根皮光滑的“面條根”，平均入土深度在70～80厘米，如“種生黑”、“姚黃”等，既可觀賞，又可藥用。
芽
牡丹的芽外由6～8枚鱗片所包，所以牡丹芽又稱“鱗芽”。牡丹以鱗芽越冬。牡丹的芽按功能和分化程度分為花芽、葉芽、潛伏芽和不定芽四種。
1、花芽
牡丹的花芽為混合芽，能抽枝、長葉、開花。著生在枝條頂端的稱為“頂生花芽”，開過一次花的枝條，花莖便自行干枯回縮一段。著生在干枯花莖下部的葉腋間的花芽稱為“腋生花芽”或“側生花芽”。花芽一般都比較肥大飽滿，剝除鱗片，可見“花胎”（即鱗芽內部的幼小花蕾）。
2、葉芽
葉芽只抽枝長葉，多數著生在花芽下部的葉腋間，也有著生在枝條頂端的，較花芽瘦小，萌發后發育成枝條。
3、潛伏芽
潛伏芽著生在新枝的最下部，形狀癟小，如粟粒，俗稱“狗鱉”。平時不萌發，在花芽、葉芽或枝條受傷后才能萌發，其壽命較長，可維持10～15年之久。
4、不定芽
著生在根莖處的芽叫做“不定芽”。出土后抽生為萌蘗枝，俗稱“土芽”。不定芽萌發力特強，是接穗、更新老枝（股）和增加新股的主要來源。不定芽當年不開花，生長旺盛者，在頂部當年可發育分化形成花芽，翌年開花。
牡丹在芽因品種不同在形狀、顏色等方面均有差異，形態百出，各有特征。大體上有圓錐型、珍珠型、扁圓型、長錐型、鷹咀型等；各形狀之間又有大小、鱗片的多少、芽質癟瘦虛實等差別；顏色也有青綠、黃綠、土紅、土黃、銀灰、棕褐和不同程度的紫紅等色；另外還有花色和混和色，是秋季分辨品種的主要依據。因此，單靠芽的形狀、顏色等很難識別牡丹的品種，需靠長期耐心細致的觀察，才能掌握每一品種鱗芽的特性。
